Embrio pendirian Taman Pendidikan Khadijah Surabaya berangkat dari pendidikan formal bernama Madrasah Mualimat NU. Madrasah Mualimat NU yang terletak di jalan Kawatan VI/ 7 Surabaya ini didirikan oleh KH. Abd. Wahab Turcham bersama KH. Moh. Ridwan, KH. Abd. Fatah Yasin, KH. Abd. Manaf Murtadlo dan KH. Abd. Aziz Diyar. Didirikan pada 1 Agustus 1954, sebab tanggal tersebut mempunyai makna dan hikmah yang diharapkan menjadi pemicu dan motivasi bagi para pelaksananya. Berdasarkan hitungan Chandra Sangkala, 1 bermakna asal, 8 (bulan Agustus) bermakna Harapan, 1 bermakna asal, 9 bermakna ilmu, 5 bermakna emas, dan 4 bermakna dapat. Maka tanggal 1 Agustus 1954 bermakna Asal Harapan Ada Ilmu Emas Dapat. Sumber dana pendirian Madrasah Mualimat NU ini berasal dari Dewan Islam melalui Kyai Hasyim berupa uang 4.500 Gulden, H. Iksan Laksana Jaya berupa bahan bangunan, H. Faqih Amin Rp. 8.000 ribu, Undian berhadiah, Uang pencetakan tanda gambar NU dan lain sebagainya.
Sebelum Madrasah Mualimat NU ini berdiri, di jalan Kawatan Surabaya telah berdiri beberapa lembaga pendidikan formal, diantaranya Tarbiyatul Atfal (setingkat TK), Madrasah Ibtidaiyah (setingkat SD), dan Sekolah Menengah Islam (setingkat SMP). Setelah berdiri Madrasah Mualimat, lulusan MI dapat melanjutkan di Madrasah tersebut dan diterima pada kelas satu, sedangkan lulusan SMI langsung masuk kelas tiga atau empat. Madrasah Mualimat ini berada di bawah naungan LP Ma’arif Pusat yang bertujuan untuk mendidik dan mencetak kader guru, khususnya guru Agama sesuai kebutuhan umat Islam.
Madrasah Mualimat NU memiliki ciri khas tersendiri dengan sekolah lain. Ciri khas itu ialah kurikulumnya bernuansa keagamaan, para siswi berkerudung. Ciri khas itulah yang menjadi daya tarik wali murid untuk mensekolahkan anak mereka di sekolah ini. Sejak awal berdiri, Madrasah ini sudah memiliki siswi dengan jumlah 42 orang. 6 tahun kemudian (tahun 1960), sekolah ini sudah dikenal masyarakat luas dan memiliki siswi sebanyak 212 orang.
Seiring dengan tuntutan dan perkembangan masyarakat, Madrasah Mualimat NU telah beberapa kali berganti nama. Tahun 1960 Muallimat NU juga dikenal dengan nama TPG NU (Taman Pendidikan Guru NU) dan sejak awal tahun 1960, TPG NU berpindah ke JL. A. Yani 2-4 Surabaya. Tahun 1965 berubah nama lagi menjadi Taman Pendidikan Putri NU (TPP NU) dengan maksud untuk memenuhi kebutuhan dan penyesuaian dengan perkembangan pendidikan.
Tahun 1965 TPP NU mampu memiliki 6 Unit pendidikan, diantaranya TK, SD, SMP, SMA, SPG dan Mu’allimat. Tahun 1972 TPP NU berubah lagi menjadi Taman Pendidikan Putri Khadijah (TPP Khadijah) dengan akte Notaris Gusti Djohan No. 3 tanggal 1 Februari 1972, kemudian dibatalkan dan diperbaharui dengan akte Notaris Gusti Djohan No.62-A tanggal 11 Juni 1975. Selanjutnya disempurnakan dengan akte Notaris Suyati Subadi, SH. No. 1 tanggal 1 Maret 1984, kemudian disempurnakan dengan akte Notaris Suyati Subadi, SH No. 117 tanggal 30 Maret 1992.
Perubahan nama TPP NU menjadi TPP Khadijah berdasarkan surat keputusan PP Ma’arif NU yang intinya berisi memberi kesempatan kepada yayasan-yayasan pendidikan di seluruh Indonesia yang secara yuridis masih berada di bawah naungan Lembaga Pendidikan Ma’arif untuk memberi nama sesuai dengan situasi dan kondisi politis di daerah Yayasan Pendidikan tersebut berada.
Oleh karena kebijakan itulah, maka muncul nama-nama yayasan lainnya, seperti Yayasan Wachid Hasyim, Yayasan Syamsul Hadi, Yayasan Ghufron Faqih dan lain sebagainya. Perubahan nama Yayasan TPP NU menjadi TPP Khadijah berpengaruh pada perubahan nama unit-unit pendidikan yang berada di bawah naungan TPP Khadijah, sehingga penyesuaian nama tersebut menjadi SD Khadijah, SMP Khadijah, SMA Khadijah, SPG Khadijah. Dengan menanamkan nilai-nilai Islam Ahl as-Sunnah Wa al-Jama’ah, tanpa harus menonjolkan formalitasnya. Sebagai konsekuensi logis, maka TPP Khadijah menetapakan kurikulum yang ditetapkan Depdikbud (sekarang kemendiknas) pada semua unit yang ada di TPP Khadijah dengan memperdalam dan memperluas pendidikan Agama.
Oleh karena itu, Yayasan dengan tim ahli yang dimilikinya, juga merumuskan kurikulum pendidikan Agama yang disesuaikan dengan misi Yayasan. Dengan demikian ciri keislaman tetap menonjol, tanpa mennghilangkan nuansa modern. Pada tahun 1996 TPP Khadijah berubah menjadi Yayasan Taman Pendidikan dan Sosial Khadijah disingkat “Yayasan Khadijah”. Perubahan ini dikukuhkan dengan Akte Notaris Suyati Subadi, SH No. 75 tanggal 18 Januari 1996.
Kemudian pada tahun 2000 berubah nama menjadi Yayasan Taman Pendidikan dan Sosial Nahdlatul Ulama Khadijah Surabaya atau disingkat dengan nama “Yayasan Khadijah Surabaya”, sesuai hasil keputusan Musyawarah yayasan di Hotel Ekuator pada tanggal 17-18 Nopember 2000, yang kemudian dikuatkan dengan Akta Notaris Machmud Fauzi Surabaya No.1 tanggal 3 Mei 2008. Hingga sekarang, Yayasan Khadijah telah memiliki 8 unit pendidikan dan 8 unit sosial. 8 Unit Pendidikan antara lain TK Khadijah A. Yani, TK-KB Khadijah Pandegiling, SD Khadijah A. Yani, SD Khadijah 2 Pandegiling, SD Khadijah 3 Candi Lempung, SMP Khadijah Surabaya, SMP Khadijah 2 Darmo Permai, R-SMA Khadijah-BI A. Yani. Sedangkan unit sosial yang dimaksud berupa Panti Asuhan (P.A.) Khadijah 1, P.A. Khadijah 2, P.A. Khadijah 3, P.A. Zainuddin, P.A. Ruqoyyah, Taman Pengasuhan Anak, Pembinaan Anak Jalanan, Kelompok Swadaya Masyarakat (Pedagang Kaki Lima dan Keluarga Ekonomi Pra Sejahtera).
SMP Khadijah Surabaya telah berusia lebih dari 50 tahun. Sekolah ini, Didirikan oleh Nahdlatul Ulama bersama Lembaga Pendidikan Ma’arif NU dan muslimat NU Cabang Surabaya. SMP Khadijah merupakan SMP swasta Islam yang bukan hanya dikenal oleh masyarakat Surabaya, namun masyarakat muslim hampir seluruh kota di Jawa Timur, Jawa Tengah, Jawa Barat, DKI Jakarta, Sumatera, Kalimantan bahkan pernah ada siswa berasal dari Singapura, Malaysia, Suriname, Quwait dan Arab Saudi. Sekolah ini berstatus Terakreditasi “A”, terletak di pintu masuk kota Surabaya, Jalan Ahmad Yani No. 2-4 Surabaya. Tepatnya berada di samping RSI Wonokromo, Surabaya.
Selain menyiapkan para siswa memiliki kualiikasi lulusan SMP pada umumnya, secara khusus membekali pengetahuan agama Islam yang cukup seperti dapat membaca al-Qur’an, hafal surat-surat pendek, terbiasa membaca tahlil, gemar membaca sholawat Nabi, dzikir dan istighosah, dapat berbahasa Arab dan Inggris untuk komunikasi sehari-hari serta dapat melaksanakan amaliyah keagamaan sehari-hari dengan benar sesuai ajaran Ahlu as-Sunnah Wa al-Jama’ah ‘ala Nahdlatul al-‘Ulama’.